Nagato był sierotą, która brnęła przez życie podczas wojny.Nagato po raz pierwszy aktywował Rinnegan'a gdy podczas wojny shinobi z Konohy wtargnęli do jego domu i zabili mu rodziców. Po śmierci rodziców wyruszył w podróż aby szukać lepszego życia. Podczas podróży Nagato spotkał psa którego przygarnął. Gdy podczas podróży zemdlał uratowała go Konan dając mu kawałek chleba i sprowadzając go do miejsca gdzie wraz z Yahiko mieszkali. Tam przyszły członek Akatsuki usłyszał marzenie Yahiko, czyli marzenie o pokoju na świecie zadając ból innym ludziom taki ból jaki on czuł. Podczas jednej z prób zdobycia jedzenia z nieznanego miejsca wyleciał kunaia z wybuchową notką który poważnie ranił psa Nagato. Później jak się okazuje było to miejsce walki Hanzou z Trzema Sanninami z Konohy. Po tym wydarzeniu Nagato wraz z przyjaciółmi spotyka Trójkę Sanninów, a ich mistrzem zostaje Jiraiya . Postanowił on nauczyć ich tajników walki oraz technik ninjutsu. Nauki Jiraiyi zakończyły się sukcesem i najlepszym spośród uczniów okazał się właśnie Nagato. Niewiarygodne było to, że opanował techniki wszystkich pięciu istniejących żywiołów w świecie ninja. Być może w wynikach treningu pomagała mu jego determinacja i chęć obrony przyjaciół.  Kilka lat później kiedy cała trójka są dorośli należą do specjalnej grupy którą kierował Yahiko. Hanzou czując zagrożenie w drużynie Yahiko postanawia zawrzeć przymierze jednak okazuje się to być kłamstwem. Hanzou wraz ze swoją armią był wspierany przez Danzou i jego Korzeń. Podczas walki Hanzou wziął Konan jako zakładniczkę i żądał od Nagato aby ten zabił Yahiko albo on zabije Konan. Yahiko nie chcąc aby jeko przyjaciółka zginęła prosi Nagato aby ten zrobił to co mówi Hanzou. Nagato jednak się nie zgadza ale Yahiko go nie słucha i nadziewa się na kunai Nagato. Hanzou mimo tego i tak chciał zabić Konan i Nagato ale wtedy Nagato uaktywnia moce Rinnegan'a i ratuje Konan z rąk Hanzou samemu lądując na wybuchowych notkach ale nawet to nie przeszkadza Nagato i pokonuje wszystkich ninja z bandy Hanzou i Danzou robiąc technikę Kuchiyose Gedou Mazou, która bardzo szybko wyrywała dusze przeciwników. Danzou uciekł z pola walki a Hanzou został zabity ową techniką. Po tym zdarzeniu Nagato przekreśla opaskę i postanawia zostać nukeninem który będzie dążył marzeniem Yahiko. . . . .  . Nagato zawsze pragnął nieustającego pokoju i zgody na całym świecie. Po tych zdarzeniach Jiraiya uznał, że dzieci są już na dość dobrym poziomie aby samemu obronić się przed niebezpieczeństwem i wyruszył w dalszą podróż. Od tego czasu nie było nic wiadomo o młodym posiadaczu rinnengana i jego przyjaciołach. Dopiero gdy Jiraiya odkrył tożsamość z pozoru przywódcy Akatsuki zaczęło się coś dziać. Sannin spotkał się na polu bitwy ze swoim dawnym uczniem. Dziwnym przypadkiem osoba ta posiadała oczy rinnengan, lecz w ogóle nie przypominała Nagato. Po dłuższym starciu Jiraiya został zmuszony do przejścia w "tryb pustelniczy" i zwołania dwóch najsilniejszych i najmądrzejszych pustelników. Ku zdumieniu sannina przeciwnik stosował tylko różnego rodzaju jutsu przywołania, ale zaraz po przejściu Jiraiyi w silniejszą formę zwołał dwóch ludzi, którzy także posiadali wspaniałe oczy. Potężne ataki trzech pustelników nie zdziałały nic na ciała z rinnenganami. Jedno z nich miało moc pochłaniania każdego ninjutsu, a wszystkie były dość odporne na taijutsu. Sannin po porozumieniu się z dwoma pustelnikami dokonał chwilowego odwrotu. Uciekając uświadomił sobie iż cała trójka przeciwników może w każdej chwili zobaczyć ten sam obraz. Z tą umiejętnością tylko jeden z nich może obserwować Jiraiyę a pozostała dwójka już przygotowuje się do ataku. Sannin obmyślił taką strategię, że tyko jeden mógł na niego patrzeć. W ten sposób ciało przeciwnika uległo potężnemu genjutsu wywołanemu przez dwóch żabich pustelników siedzących na ramieniu mędrca. Tym sposobem Jiraiya zniszczył obezwładnione ciała i wydawało się, że to już koniec walki. Uspokojony sannin oberwał mocno od nieznanego przeciwnika, który nagle wyskoczył na niego z tyłu. Mędrzec stracił przy tym jedną rękę, a jego oczom ukazała się szóstka ludzi w płaszczach akatsuki posiadających potężne oczy. Przedstawili się oni jako "Pain". Zrozpaczony Jiraiya nie wiedział już o co chodzi. Sześciu ninja zaatakowało sannina, a ten ukrył się w żołądku żaby razem z jednym Painem. Pokonał go sam na sam i gdy tajemniczemu ninjy zsunęła się opaska z czoła mędrzec doznał olśnienia. Przypomniał sobie iż toczył walkę kiedyś z owym leżącym shinobim. Mogąc się wycofać dokonał trudnego wyboru tak jak to kiedyś przepowiedział mu najstarszy żabi mędrzec. Jiraiya ponownie stanął naprzeciw Paina i skojarzył, że walczył już kiedyś z każdym z ciał. Najbardziej w oko wpadło mu jedno z nich, które przypominało mu Yachiko. Mędrzec miał rację, ponieważ Nagato przeznaczył sobie ciało dawnego kolegi dla jego własnego użytku. Pain przebił mędrcowi gardło, a ten znalazł się w kłopotliwej sytuacji, ponieważ nie miał jak przekazać informacji kim naprawdę jest osoba stająca naprzeciw niego. Samą wolą przywrócił  siebie do życia i wypalił zaszyfrowaną wiadomość na plecach żabiego pustelnika. Tak zakończył się żywot wspaniałego Jiraiyi, ponieważ po chwili Pain wrzucił go w wodne otchłanie. W wiosce odszyfrowano wiadomość i okazała się ona brzmieć "ten prawdziwy nie jest z nimi". Po wyczerpującej bitwie szóstka shinobi (ciało  Chikushodo zostało zniszczone, lecz Pain zastąpił je innym) udała się po jinchuuriki z Konohy-Naruto Uzumakiego. Pain potężnym jutsu zniszczył dosłownie całą powierzchnię wioski. Tsunade poświęciła się i ochroniła wszystkich mieszkańców Konohy. Potężny członek akatsuki zabił Hatake Kakashiego oraz wielu innych ninja. Po przebytym treningu z jednym z dwójki najmądrzejszych pustelników o wiele silniejszy Naruto powrócił aby stanąć oko w oko z potężnym Painem. W walce ukazały się umięjętności wszystkich ciał. Naruto udało się odkryć prawdziwą tożsamość Paina. Ten prawdziwy Nagato znajdując się w papierowym drzewie zrobionym przez Konan kontrolował swoje "marionetki" z odległości. Uzumaki odbył rozmowę z ledwo żyjącym Painem i uświadomił mu czym naprawdę jest dobro i pokój oraz jak do tego dążyć. Ostatecznie Nagato który wreszcie zrozumiał, że to co robił było złe swoim specjalnym jutsu wskrzesił do życia wszystkich których zabił, a min. Kakashiego i żabiego pustelnika. Tak oto zakończył się żywot Paina (Nagato). W życiu zawsze pragnął pokoju, ale w związku z przeżyciami z wojny pojmował to zupełnie inaczej. Zaczął uważać, że świat i wszyscy ludzie muszą poznać prawdziwy ból. Zgodnie z jego twierdzeniem dopiero wtedy nadszedłby pokój.